El Niño ist in erster Linie deshalb gefährlich, weil es zu starken Abweichungen von den normalen Wetterbedingungen führt, die viele Regionen weltweit beeinflussen können. Die Auswirkungen können verheerend sein und haben in der Vergangenheit zu erheblichen wirtschaftlichen Schäden, menschlichem Leid und Umweltveränderungen geführt. El Niño bringt Wetter und Ozeane gehörig durcheinander und sorgt für extreme Wetterereignisse, Ernteausfälle und wirtschaftliche Einbußen vor allem in der Landwirtschaft sowie bei der Rohstoffförderung. Auf der Südhalbkugel sind die Folgen am stärksten, allerdings sind starke Wetterveränderungen auch auf der Nordhalbkugel möglich.